Bei vielen Kaninchen kommt es im Laufe des Lebens zu Problemen mit den Zähnen. Diese lassen sich unterscheiden in Probleme mit den Schneidezähnen, Backenzahnspitzen und Wurzelprobleme.
Es kommt vor, dass sich die Schneidezähne aufgrund einer Fehlstellung nicht richtig abnutzen und aus diesem Grund regelmäßig gekürzt werden müssen. Je nach dem Grad der Fehlstellung und der Häufigkeit, mit der die Zähne gekürzt werden, kommt in Absprache mit dem Tierarzt eine Entfernung der Schneidezähne in Betracht. Das Tier muss dann für den Rest seines Lebens mit mundgerechtem Futter ernährt werden. Inwieweit das Fressen von Heu möglich ist, hängt vom einzelnen Tier ab. Die Zähne sollten nur von einem Tierarzt gekürzt werden, da bei unsachgemäßem Einsatz der Zahnzange die Zähne splittern können. Ein Tierarzt verwendet möglichst eine Trennscheibe, um die Schneidezähne zu kürzen.
Eine Fehlstellung der Backenzähne kann dazu führen, dass sich immer wieder Spitzen und Haken auf den Zähnen bilden. Diese müssen vom Tierarzt entfernt werden, da sonst Verletzungen der Zunge, der Wange und des Zahnfleisches drohen. Der Abstand, in dem die Kürzungen notwendig sind, hängt von der Schwere der Fehlstellung ab. Häufig ist es möglich, durch eine rohfaserreiche und ausgewogene Ernährung die Abstände zu verlängern. Die meisten Kaninchen mit Zahnspitzen brauchen keine besondere Ernährung und kommen sehr gut mit normalem Frischfutter und Heu zurecht.
Durch schlecht angelegte Zahnwurzeln kann es auch zu großen Problemen kommen. Entweder die Wurzeln stehen falsch im Kiefer und wachsen gegeneinander, so dass es zu Druckpunkten kommt, oder sie werden zu lang. Zu lange Zahnwurzeln im Oberkiefer können den Tränennasenkanal einengen oder auch von unten in Richtung Augenhöhle wachsen. Dies führt zu einseitigem Nasenausfluss oder tränenden, verklebten Augen. Wenn die Wurzeln im Unterkiefer zu lang werden, hat das meist keine sichtbaren Auswirkungen. Es kann aber passieren, dass die Wurzeln den Kiefer nach unten durchstoßen. In Folge von Wurzelfehlstellungen kann es außerdem zu Kieferabszessen kommen. Diese müssen dringend operativ versorgt werden (s. Abszesse). Die Nachbehandlung ist häufig aufwendig und langwierig und umfasst eine Antibiose, die Behandlung der Wundhöhle und in der ersten Zeit häufig auch die Zwangsernährung. Da solche Operationen einer gewissen Erfahrung bedürfen, sollte man sich einen Tierarzt suchen, der mit dieser Art der Erkrankung bereits Erfahrungen gesammelt hat. Die Heilungschancen sind sehr vorsichtig zu bewerten, da es zu Blutvergiftungen oder ähnlichen Problemen kommen kann.
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